Debian系Linux一些生物信息学软件的安装
本文最后更新于 391 天前,其中的信息可能已经有所发展或是发生改变。

常见的Ubuntu和Deepin都是基于Debian的

axel

axel 功能与 wget 相似,使用axel -n100 设置100个线程后加下载链接即可吊打 wget 。

# 安装
sudo apt-get install axel
# 使用
axel

Bowtie2

Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具(适用于将长度大约为50~1000bp的 reads 与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。

# 安装
sudo apt-get install bowtie2
# 使用
bowtie2

Samtools

Samtools 是一个用来处理 SAM/BAM(SAM的二进制格式,用于压缩空间)格式的比对文件的工具,它能够输入和输出 SAM(sequence alignment/map:序列比对)格式的文件,对其进行排序、合并、建立索引等处理。

# 安装
sudo apt-get install samtools
# 使用
samtools

SOAPdenovo2

SOAPdenovo 是一个新颖的适用于组装短 reads 的方法,能组装出类似人类基因组大小的 denovo 草图。.该软件特地设计用来组装 Illumina GA short reads,新的版本减少了在图创建时的内存消耗,解决了 contig 组装时的重复区域的问题,增加了 scaffold 组装时的覆盖度和长度,改进了 gap closing,更加适用于大型基因组组装。

# 安装
sudo apt-get install soapdenovo2
# 使用
soapdenovo2-127mer 或 soapdenovo2-63mer

FastQC

高通量测序数据的高级质控工具;输入FastQ,SAM,BAM文件,输出对测序数据评估的网页报告。

# 安装
sudo apt-get install fastqc
# 使用
fastqc

cufflinks

Cufflinks 下主要包含 cufflinks,cuffmerge,cuffcompare 和 cuffdiff 等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。

Cufflinks 程序主要根据 Tophat 的比对结果,依托或不依托于参考基因组的 GTF 注释文件,计算出(各个gene的)isoform 的 FPKM 值,并给出 trascripts.gtf 注释结果(组装出转录组)。

# 安装
sudo apt-get install cufflinks
# 使用
cufflinks

tophat2

Tophat 使用 RNA-seq 的 reads 数据来寻找基因的剪切点(splice junction)。该软件调用 Bowtie 或 Bowtie2 来将 reads 比对到参考基因组上,分析比对结果,从而寻找出外显子之间的结合位点。

# 安装
sudo apt-get install tophat
# 使用
tophat

Trimmomatic

Trimmomatic 工具是用于 illumina 二代测序数据的reads处理,主要对接头(adapter)序列和低质量序列进行过滤。

# 安装
sudo apt-get install trimmomatic
# 使用
# 单端数据
TrimmomaticSE
# 双端数据
TrimmomaticPE

bcftools

bcftools 是 samtools 的开发者提供的一款专门操作 VCF 文件的工具,它可以处理 VCF 格式,也可以处理 VCF 对应的二进制文件。

# 安装
sudo apt-get install bcftools
# 使用
bcftools

SRA-toolkit

sratoolkit 是 NCBI 提供的用于下载来自 SRA 数据库测序数据的一个工具包。

# 安装
sudo apt-get install sra-toolkit
# 使用
prefetch ...
# 默认下载在/home/用户名/ncbi/public/...,使用-O参数更改目录

STAR

# Debian源里没有,使用conda安装
# 添加bioconda平台(如果没有添加过的话)
conda config --add channels bioconda
# 或者清华源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
# 安装
conda install star
# 使用
# 先为anaconda添加环境变量(如果没有添加过的话)
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH >> ~/.bashrc'
source ~/.bashrc
# 运行
STAR

Cytoscape

# 使用conda安装
# 添加bioconda平台(如果没有添加过的话)
conda config --add channels bioconda
# 安装,使用-c参数指定bioconda平台,实测不使用会报错,未知原因
conda install -c bioconda cytoscape
# 使用
# 先为anaconda添加环境变量(如果没有添加过的话)
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH >> ~/.bashrc'
source ~/.bashrc
# 运行
Cytoscape

Modeller

# 使用conda安装
# 添加salilab平台
conda config --add channels salilab
# 安装
conda install modeller
# 使用
# 先为anaconda添加环境变量(如果没有添加过的话)
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH >> ~/.bashrc'
source ~/.bashrc
# 运行,10.1是版本号
mod10.1
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文章标题:Debian系Linux一些生物信息学软件的安装
本文作者:M.Li
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Source: github.com/k4yt3x/flowerhd
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